Die AJPES hat 13 Organisationseinheiten, die im Beschluss über die Gründung der AJPES festgelegt sind. Der Hauptsitz des Zentralbüros befindet sich in Ljubljana, und seine Zweigstellen befinden sich an folgenden Orten: Ljubljana, Celje, Koper, Kranj, Krško, Maribor, Murska Sobota, Nova Gorica, Novo mesto, Postojna, Trbovlje und Velenje.

Ein verzweigtes Netz von AJPES-Organisationseinheiten kommt sowohl den Informationsanbietern als auch den Informationsnutzern zugute - dem Staat, staatlichen Institutionen, wissenschaftlichen und Forschungseinrichtungen und anderen Institutionen sowie einzelnen Unternehmen.

Die Organe von AJPES bestehen aus dem fünfköpfigen Rat von AJPES und dem geschäftsführenden Direktor. Die Mitglieder des AJPES-Rates und der Geschäftsführer werden von der Regierung der Republik Slowenien ernannt und aufgelöst.

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