L'AJPES compte 13 unités organisationnelles définies dans la décision sur la formation de l'AJPES. Le siège de l'Office central se trouve à Ljubljana, et ses succursales se trouvent dans les endroits suivants : Ljubljana, Celje, Koper, Kranj, Krško, Maribor, Murska Sobota, Nova Gorica, Novo mesto, Postojna, Trbovlje et Velenje.

Un réseau ramifié d'unités organisationnelles de l'AJPES est au service à la fois des fournisseurs et des utilisateurs d'informations - l'État, les institutions publiques, les institutions scientifiques et de recherche et autres institutions, ainsi que les entités commerciales individuelles.

Les organes de l'AJPES se composent du Conseil de l'AJPES, composé de 5 membres, et du directeur général. Les membres du conseil de l'AJPES et le directeur général sont nommés et dissous par le gouvernement de la République de Slovénie.

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